Département de la justice magique
Ce département s'assure du bon fonctionnement de la justice magique en Grande-Bretagne. Dans le but de dissimuler l'existence des sorciers aux Moldus, ce service veille à ce qu'aucun usage abusif de la magie ne soit commis. La moindre infraction est immédiatement détectée et fait l'objet d'un procès-verbal. Il comporte aussi le bureau des aurors, qui veille à protéger le monde magique des forces du mal.
Bureau des aurors Les Aurors sont des sorciers et sorcières d'élite qui luttent activement contre l'utilisation de la magie noire. Au ministère de la Magie, le bureau des Aurors est une vaste salle de type open space. Des notes volantes s'y croisent en tous sens. Les boxes sont remplis de portraits de sorciers et de sorcières recherchés, d'articles de presse ou de photos de famille. Il y a également une carte du monde pointée d'épingles.
Service du détournement des objets moldus : Ça concerne tous les objets fabriqués par les Moldus et qui ont été ensorcelés. Il faut s'occuper de les neutraliser si jamais ils reviennent dans des magasins ou des maisons de Moldus.
Magenmagot : Le Magenmagot est la Haute Cour de justice des mages. C'est une organisation qui précède le ministère de la Magie et qui fonctionne comme une combinaison de la cour et du parlement. Le Magenmagot regroupe une cinquantaine de sorciers, portant des robes couleur prune avec un « M » brodé sur la gauche de la poitrine.


Département des accidents et catastrophes magiques
Ce département veille à intervenir et réparer tous les incidents liés un usage excessif ou accidentel de la magie. Il comprend la brigade de réparation des accidents de sorcellerie, les Forces des tâches invisibles, le quartier général des Oubliators et le Comité des inventions d'excuses à l'usage des Moldus.

Département de contrôle et de régulation des créatures magiques
Ce département s'occupe de tout ce qui est en rapport avec les créatures fantastiques, ainsi que les êtres. Régulation, chasse, protection, contrôle. On trouve toutes sortes de métiers comme les magizoologistes et ou les agents de liaison avec les êtres.

Département de la coopération magique internationale
Le département comprend l'organisation internationale du commerce magique, le bureau international des lois magiques et la confédération internationale des sorciers (section britannique). On y trouve des diplomates, des traducteurs, des économistes. C'est un département très important vis à vis des relations avec le monde magique extérieur à la Grand Bretagne.

Département des transports magiques
Ce département comprend tout ce qui est du domaine des transports : la régie autonome des transports par cheminée (Réseau de cheminette), le service de régulation des balais volants, l'office des Portoloins et le centre d'essai de transplanage.

Département des jeux et sports magiques
Le Quidditch est un sport très populaire en Europe, et la Grande-Bretagne n'y échappe pas ! Ce département veille à encadrer et organiser les matchs officiels de la ligue de Quidditch. Il existe aussi des ligues de sports moins populaires comme les Bavboules ou les échecs.

Département des droits des non-magiques
C'est le département le plus récent de tous, mais également le plus petit. C'est celui qui possède le plus petit nombre d'employés. On y discute des réformes à présenter au ministère concernant l'avancement des droits des cracmols, ainsi que de la protection des moldus.

Département du développement de la technologie magique
Ce département s'occupe d'encadrer toutes les nouvelles technologies magiques. Il y a une immense salle, très surveillée, qui renferme tous les brevets des inventions déjà crées et celles à venir. On y trouve un bureau des inventeurs, et beaucoup de salles libres et vides afin de tester les diverses inventions.

Département des mystères
Comme son nom l'indique, le département des mystères se situe au dernier étage (le 10) et est un lieu qu'aucun employé du ministère ne connaît vraiment, à part ceux qui y travaillent, appelés « Langues de plomb ». Eux seuls savent ce qu'on y étudie. Les couloirs sont très différents de ceux des étages supérieurs : les murs sont nus, sans fenêtre. Il n'y a qu'une seule porte, présente tout au fond du couloir. Les lieux existent sans doute depuis très longtemps mais n'ont apparemment pas été créés entièrement par des hommes. Il s'agit d'un département de recherche sur des notions abstraites et complexes, donc chacune est étudiée dans une salle qui lui est propre :
Salle du Temps : comporte des retourneurs de temps, un grand tube où un poussin passe, en boucle, de l'œuf à l'oiseau, des horloges de toutes sortes...
Salle du Savoir : on y trouve des cerveaux qui flottent dans une grande bassine remplie d'un liquide étrange.
Salle de la Mort : grande salle en gradins comportant en bas et au centre une arche voilée dont s'échappent les murmures des morts.
Salle du Futur ou Salle des Prophéties : meublée d'immenses étagères sur lesquelles sont entreposées des prophéties (« enfermées » dans des boules de verre). Les étagères sont disposées en au moins cent rangées très longues et profondes.
Salle de l'Amour : selon Albus Dumbledore, « elle contient une force à la fois plus merveilleuse et plus terrible que la mort, que l'intelligence humaine, que les forces de la nature ».
Salle des Planètes ou de l'espace : Ce serait un endroit où on a l'impression de « flotter dans le noir »